Agrobiosciences et chimie (Ath)
Initiation aux techniques de séquençage de nouvelle génération

Connaissances

L'étudiant sera capable :
- D'expliquer et reconnaitre les différentes technologies de séquençage à haut débit.
- De détailler et d'expliquer concrétement les protocoles utilisés.
- De sélectionner les outils d'analyse et d'interprétation nécessaires à la rédaction du rapport.

Aptitudes

- Comprendre les principes fondamentaux du Séquençage Nouvelle Génération (NGS)
- Comprendre les différentes technologies disponibles aujourd’hui (Illumina, IonTorrent,…)
- Comprendre les bases des protocoles (matériel de départ, construction des librairies, séquençage, validation des résultats, interprétation,…)

Compétences

Disposera des notions afin de :
- Réaliser les différentes étapes nécessaires à la réalisation d'un séquençage à haut débit sur une plateforme Illumina, MiSeq Systems. Cela reprend notamment : l'extraction d'ADN et la verification, l'amplification PCR cible, la réalisation d'une Index- PCR, la préparation de librairies d'ADN pour le séquençage.
- De réaliser l'analyse et l'interprétation des données taxonomiques issues du séquençage d'échantillons environnmentaux complexes.

(1) Rappel des notions de base de manipulation d’ADN, construction de librairies,…
2) Présentation des nouvelles méthodes de séquençage d’ADN:
(2.1) La méthode de séquençage par détection de protons ("Post-light" Ion Torrent technologie)
(2.2) La méthode de séquençage par synthèse, terminateurs réversibles (Illumina)
(2.3) Les techniques Pacific Biosciences et Oxford Nanopore
(3) Applications :
(3.1) Réalisation d'un séquençage ciblé sur une plateforme Illumina MiSeq (extraction d'ADN, PCR cible, Index PCR, sequençage).

• Cours magistraux
• Séminaires
• Travaux pratiques
• Exercices dirigés

Type de support

Syllabus

Références

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Toutes les ressources proposées par les différentes technologies de séquençage sont consultables sur le site des fournisseurs respectifs.